十一月二日，郑成功的舰队刚抵潮阳时，远在广西梧州的永历帝派黄文携旨前来，向郑成功通告广州城被攻破的消息。
自从三月六日尚可喜、耿继茂率清军开始进攻广州城，广州南明守军进行了英勇的保卫战，这场保卫战历时十个月之久，在此期间，清军大量加强水面船只的数量，并且大量增援陆上军队，攻城大炮增加到了七十三门，南明多次对广东实施救援，但均被清军击败，到十一月一日，清军的大炮轰塌了广州西北城垣，清军从打开的缺口处涌入广州城内，广州沦陷，继而清军进行血腥的屠城。
惊慌失措的永历帝只得将希望寄托于前大西军、前大顺军以及郑成功等的军事援助上。这些军事力量，都是来自明朝体制之外的军队，都曾经是明朝政府剿抚的对象，历史给明朝政府开了一个大玩笑，现在孱弱的南明不得不依靠这些曾经与之作对的武装。
前来报信的黄文对郑成功说：“有旨请藩入援，伪平、靖二王率满骑数万寇广州复之，宁藩望我大师南下会剿甚切。”
广东的局势在迅速恶化，郑成功料想清军在攻占广州后，潮阳的局面将极其困难，因为尚可喜、耿继茂的清军很快会向这里挺进，而且潮州的郝尚久也已经降清，在这种情况下，郑成功必须要考虑放弃潮阳根据地。他下令加紧时间在潮阳一带催粮饷，并且将粮饷用船运回厦门岛。
由于郑成功所控制的地盘太小，所以在征粮饷上使当地百姓负担非常沉重，大约有三成的百姓生活在贫困线上，根本无法交饷，郑成功最后豁免了这部分人交粮饷的义务。
郑成功前往揭阳，与郑鸿逵商量大军的去向。
郑成功判断清军在攻克广州之后，下一步的目标必定是粤东，所以认为潮阳、揭阳一带终非久居之地，他建议郑鸿逵先撤往厦门岛，而他本人则准备南下勤王，支援永历帝。
永历帝是一位平庸得很的乱世皇帝，在1650年初清军南下广东时，他便如惊弓之鸟从广东肇庆撤往广西梧州。到了同年的十一月，广州与桂林这两省的省会几乎同时被清军攻陷，永历帝再次逃窜，他在十一月十一日登船逃往浔州。
然而，驻守浔州庆国公陈邦傅却阴谋降清，想劫持永历帝献给清廷。永历帝接到密报后，吓得魂不守舍，当时正值暴风雨，他不敢停留浔州，冲雨而过，逃往南宁。陈邦傅没有逮住永历帝，便杀死宣国公焦琏，然后向孔有德投降。
此时南明的旧政府军几乎丧失殆尽，除了杜永和退守琼州外，邓耀退往钦州龙门岛，陈奇策退往上下川岛，这些南明军事力量只是为荣誉而作战，根本无法扭转时局。
在永历小朝廷生死存亡的关头，曾经联明抗清多年的大顺军残部，终于永历帝向郑成功发出勤王令，但郑成功的军队远在千里之外，远水解不了近渴，所以他只得向云南、四川一带的原大西军求援了。
下面简单说说大西军与大顺军余部的活动情况。
先来看大顺军的情况。
1645年五月，李自成意外死于湖北通城九宫山，当时大顺军还拥有四十万之众，分为两支，一支以郝永忠为首，拥有十八营，三十万部众，与南明湖北巡抚堵胤锡达成协议，联明抗清，并且隆武帝赐名为\"忠贞营”。
此后，大顺军余部成为抗清的一支重要武装力量。
然而南明政府与旧臣对这支李自成的起义军怀有敌视之心，非但不能以诚相与，反倒处处掣肘，挑拔大顺军内部的争斗。
而在大顺军内部，由于缺乏强有力的领导，内部将领之间也矛盾重重，所以始终无法凝聚为一支强大的军队。
南明昏庸臣僚对大顺军的压制与不信任，最后使得大顺军余部与南明政府的矛盾越来越深，到了无法调和的地步。
在1648年，由于与南明官僚矛盾的激化，郝永忠的大顺军脱离南明，北上荆襄山区；同时李赤心、高必正的忠贞营也由于南明官僚的打压排挤，最终在导致在湖南收复的失地又悉数丢失，李赤心、高必正从湖南退回广西。
在1649年底，李赤心病逝后，在高必正与李来亨的领导下，忠贞营仍然坚持抗清，永历小朝廷虽然摇摇欲坠，内部的派系倾轧却丝毫不减，在广州、桂林失陷后，高必正、李来亨见这个小朝廷府朽到无以复加的地步，率忠贞营经贵州抵四川巴东的西山屯，与郝永忠、刘体纯等大顺军余部会合，继续抗清斗争。