原来清福建巡抚张学圣在侦知郑成功南下广东勤王后，就调遣驻守泉州的中路总兵马得功乘机袭取厦门岛。
清军虽然在陆上力量上占据有绝对优势，但要对厦门岛发动进攻，则必须有一支海上力量，清军的船只严重不足。当时郑成功的叔父郑芝豹居安平，在张学圣的威胁下，郑芝豹向清方提供了八艘船只，清军总计拼凑起七十艘船。
三月初，七十艘满载步兵与骑兵的清军船只在马得功的率领下，向厦门岛进发。
这次进击引起岛上的守备军队的恐慌，首先是海军将领阮引不战而逃，使得清军很轻易在岛岸登陆，紧接着，原先信誓旦旦声称可以守卫岛屿安全的郑芝莞，并没有体现他的勇气，他惟一做的一件事，就是席卷珍宝，弃城上了一艘船，驶离厦门岛。
郑芝莞不战而弃厦门，海军将领阮引也不战而逃，郑成功最重要的这个后方基地，就这样落入清军之手。
郑成功的妻子董夫人幸而逃险，她抱着儿子郑经逃到海边，搭上一艘船，她问船夫郑芝莞的船是哪一艘，并且要船夫将她送往郑芝莞的船上。郑芝莞因为船上载满珍宝，生怕董夫人发现，便以兵船不便居住为由，要董夫人转移到其他船上。
董夫人心里知道郑芝莞暗藏珍宝，所以坚持不下船，郑芝莞也没有她办法。
由于郑军在厦门岛内缺少骑兵部队，马得功携往岛上的五百名清军骑兵得到纵横驰骋，如入无人之境，曾经在隆武朝中担任大学士的曾樱在得知清军破城后，在家中自杀身亡。
三月十二日，福建巡抚张学圣、兴泉道黄澍等人率军进入厦门，这两个人到厦门的目的，是贪较郑氏集团的庞大财产。
厦门历经郑芝龙、郑彩等人的经营，在岛中贮存大量的物质、军饷以及私人财产，张学圣、黄澍等人在岛内短暂停留，因为清军的海军实力不济，只要郑军的强大海军包围厦门岛，那么清军便面临被一网打尽的危险，所以张学圣利用郑军主力尚未返航之际，将岛内大量的物质、军饷、财物一并运往大陆。
郑彩在厦门岛上数十年苦心经营的成果，毁于一旦，被清军掠走的黄金达九十余万两，珠宝数百镒，米粟数十万斛，还有大量郑军将士的私人财产以及百姓的财物粮米。
郑成功长期以来之所以在抗清事业上没什么起色，主要原因一是缺乏一个稳固可靠的基地，二是缺乏粮饷。在计取郑联，夺得厦门岛后，凭借郑彩多年积累下的雄厚资本，在粮饷上终于有了坚实的储备，然而这次由于郑芝莞玩忽职守，不战而弃守厦门，致使这些雄厚的物质储备，损失殆尽，这是郑成功抗清以来所遇到的最大挫折。
黄澍等人在搬运走这些财物后离开厦门岛，只留下马得功的军队驻守。
此时从南澳启程北上珊珊来迟的郑鸿逵舰队终于抵达厦门。
郑鸿逵切断马得功逃回大陆的海上交通线，并派部将杨杼素、吴渤等人率军登陆，与马得功的清军激战，马得功的骑兵部队占据优势，在战斗中，吴渤中箭身亡，战斗陷于僵局。
随郑鸿逵返回厦门岛的施郎手中并没有军队，只有陈埙、郑文星数十名随从，但他还是果断登陆，勇敢投入战斗，虽然人数很少，但他居然挫败了一股清军的进犯，并且一直追击在中左所城外。施郎的勇敢表现，令郑鸿逵的海军也受到鼓舞。
三月二十二日，驻扎在广东大星所的郑成功接到郑鸿逵的书信，在信中，郑鸿逵敦促郑成功速速返航厦门。
郑成功沉默良久后，慨然说道：“奉旨勤王，今中左既破，顾之何益？且咫尺天涯，岂可半途而废？国难未报，遑为家为？”毅然决定继续南下，与永历政权的抗清力量会师。然而，当三军将士得知厦门岛被攻破的消息后，无不骇然，这些将士的家眷多在厦门，此时厦门仍在清军手中，家人生死未卜，哪有心思继续南下作战啊？
三军将士哭声遍野，诸镇将领纷纷前来劝说郑成功，即刻返师厦门。郑成功见士兵思家，士气不可为，无奈地叹了一口气，向南而拜，说道：“臣冒涉波涛，冀近天颜，以佐恢复，不意中左失守，将士思归，脱巾难禁。非臣不忠，势使然也。”说罢泪流满襟，三军哀恸。
由于贮存于厦门岛上的粮饷贮备已全部落入清军之手，郑成功在返航之前，决心先从大星所以及附近的清军控制区先夺取一些粮食，否则大军返回后，将面临缺粮的困境。二十五日，郑军舰队全体返航。
中左所失陷导致了郑成功南下勤王的计划受挫。在这段时间里，永历帝与大西军的合作进入一个新的阶段，永历帝在狗急跳墙之下，封孙可望为\"冀王”，但孙可望拒不接受，坚持要\"秦王\"的封号，不过孙可望仍然派出五千人的军队进入南宁，以保护这位光杆皇帝，在这样一种局势之下，永历帝已经只是一个虚假的象征了，最后，孙可望如愿以偿以获得\"秦王\"的封号，将自己的地位提升于李定国、刘文秀之上了。关于永历政权的其他情况，后文将继续提及，先来看看厦门岛的情况。