郑成功是一个雄心勃勃的人，他致力建立起一个完善的军事组织。他曾经历过弘光政权与隆武政权，并发现明帝国一直以来内部纷争不断，文臣与武将之间相互排挤倾轧，又有所谓\"清流\"与\"阉党\"之争，他曾经痛心地说过\"我朝委实无人，文臣弄权，“\"君实非戡乱之君，臣多庸碌之臣。”正是这种派系利益乃至个人利益之争，使得偌大一个帝国，拥有广阔的土地、人口、资源，却面对满族人的打击而溃不成军。郑成功决心将自己的军队建立成一支团结一致、绝对服从于他的强大军事力量，避免内部争斗为组织带来的灾难性后果。
从泉州撤兵，虽然是一次挫折，但他的军队并没有遭到损失，郑成功开始网罗更多的名士与武将。不久，原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎等人相续投奔郑成功，郑成功对这些文士十分尊重，以上宾之礼相待，在制定政策过程中，不时咨询他们。另外，郑成功也收罗一批武将，其中有甘辉、蓝登、邱缙、林壮猷、金裕。
甘辉是海澄人，身材短小，猛勇绝伦，后来成为郑成功麾下最骁勇的战将之一；蓝登是漳浦人，武艺高超。郑成功深知自己的力量还过于脆弱，他不是象黄道周那样容易意气用事的人，他首先要训练一支能征善战的军队，并且必须要有足够的物力、财力来维持这支军队的给养。
郑成功继承了父亲海上贸易事业，作为郑芝龙的长子，他生长于一个有着浓厚商业气氛的家庭里，对海上贸易的重要性有着深刻的认识。郑成功曾经向隆武帝建议\"通洋裕国”，也曾向父亲郑芝龙建议\"大开海道，兴贩各港，以足其饷”，不过由于此时郑成功只有没有一块稳固的基地，所以他在海上贸易上也同样存显得薄弱。正当郑成功忙于通商与练兵之际，闽粤的抗清形势又出现乐观的局面。
在1647年七月，福建义军攻克建宁府之后，紧接着，鲁监国政权的南明军队在八月到十月间又攻克连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地，福州周边的县城几乎都落入南明军队手中。南明军队的胜利大大激励沦陷区抗清运动的升级，在福州府的东北部的福宁州，原隆武朝廷的大学士刘中藻于福安起兵，并且克复县城，之后，福宁府各地也先后爆发义军起兵，到了次年初，在刘中藻的主持下，义军占领福宁州。这样，福建中北部的福州府、建宁府、兴化府、福宁州基本上落入南明的控制之中。
从1644年清军入关到1647年的几年间，清军以令人不可思议的速度将占领区由北推进到南方，势如破竹。但是这种千里大跃进的作战导致了一个后果，就是清军的占领区并不牢靠，一方面是清政府野蛮的政策引起强烈的反弹，另一方面，由于收降太多的明朝将领，要给每个降将予合适的职位与权力，显然是不可能的，这无疑使得明朝降将对清廷的态度出现了转变。
金声桓是一位为清廷卖命的南明降将，他原是左良玉的部将，投降清军之后，作战很卖力，在进攻江西的战役中充当急先锋，可是最后清廷授予的官职与他的期望值相去甚远，同时他与清廷任命的江西巡抚、巡按等人矛盾甚深，在这种情况下，他决心反清归明。1648年正月，金声桓发动兵变，杀死江西巡按、布政使等多名高官，江西巡抚被擒。金声桓的反清归明，对全国的抗清时局产生了非常积极的作用，除了江西南部地区外，其余大部都起兵响应金声桓，一时间江西成为反清的阵地，金声恒的军队继而攻占九江，长江中下游一带的沦陷区倍受鼓舞，特别是湖北、安徽等地的反清势力迅速复苏。
在金声桓反清之后的三个月，即1648年四月，两广提督李成栋也宣布反清归明。李成栋这个人，是个屠夫、刽子手，他曾是李自成的部将，后投降清廷，充当清廷打手，是\"嘉定三屠\"这一骇人听闻屠城事件的主要责任人，在剿杀隆武帝与绍武帝更是充当急先锋的角色。李成栋与金声桓一样，自认为为清廷立下卓著功勋，在攻占广东后，他自认为朝廷将授他两广总督之职，不想清廷却将两广总督、广东巡抚授予所信任的辽东汉人佟养甲，这令李成栋怀恨在心。李成栋之所以最终反清归明，还与他心爱的一个女人有关，这个人是他的爱妾赵氏，赵夫人到广州后，力劝李成栋反正，迎回永历帝，李成栋举棋不定，赵夫人为了让李成栋下定决心，采取极端的尸谏，她结束自己生命，临死之前，以血代墨留下一封书信，赵夫人的死，令李成栋深深被震憾了，使他原本麻木冷漠的内心涌出一股血性之气，最终毅然起兵，加入到反清的行列，这在当时，无疑是爆炸性的一个事件。
江西、广东均掀起一波反清浪潮，郑成功审时度势，准备主动出击。
郑成功的实力仍然不够强大，所以他将进攻的矛头指向安平西部的同安县，这里的清军守备力量比较弱，攻占同安也可以保证安平基地的安全。1648年四月十日，同安战役打响，郑成功率林习山、甘辉等将领，从水路、陆路两个方向出击，兵临同安城外。清军出城迎战，清军除了骑兵、步兵之外，还包括了人数不少的乡勇。
同安城外的战斗，表现最突出的是刚刚投奔郑成功不久的甘辉，他作战勇猛，胆气过人，在战斗中，同安守备王廷被甘辉所斩杀，清军伤亡过半，只得退入城中。由于同安城的城垣低矮，而且地形平坦，无险可守，所以清军副将廉彪、知县张效龄弃城而逃。第二天，郑成功的军队兵不血刃占领同安城。
这次战役规模不大，不过对于郑成功来说，意义不小。与前一年的泉州战役不同，这次郑成功是独立作战，这一年他也只有二十四岁，独立指挥对于磨炼他的军事才能有着重要作用，同时也使他的影响力日益扩大。一些郑芝龙的部将又陆续归集到了郑成功的麾下，其中有林察等人。林察曾是郑芝龙的部下，海军将领，在郑芝龙降清之后，郑氏集团许多旧将都投降清军，但林察拒绝投降，他南下广东，拥立绍武帝，但不久绍武帝与永历帝两个政权兵戈相见，爆发内战，林察率海军击败了永历军队，但不仅后由于李成栋率清军入广东，绍武政权覆灭，林察四处辗转，回到福建。郑成功发动同安战役取得胜利后，林察前来投靠，并向郑成功详述永历政权的情况。
此时李成栋在反正之后，控制了广东，并将永历帝从广西迎回到广东肇庆，广东成为反清的大后方，永历帝在南明的合法政权得到承认，在这样的背景下，郑成功决定放弃使用隆武年号，改奉永历年号，并派人前往肇庆，上表称贺，表示认可永历政权的领导地位，并且率领一部分战船，抵达福建南部的铜山岛，准备等候永历帝的圣旨，以便与永历政权的其他军事力量通力合作，共图恢复大业。
此时，福建中北部的抗清运动遭到清政府的血腥弹压。
鲁监国与郑彩的军队，包括各路自发兴起的义军曾一度控制了福建的中北部地区，在形势大好的情形下，两个因素导致了收复福建军事行动的失败。
第一个因素，是南明政权中无法克服的毛病，就是内部的争斗与倾轧。来自鲁监国集团的熊汝霖与郑遵谦与郑彩之间矛盾重重，在1648年初，郑彩先后除掉熊汝霖与郑遵谦，这使得鲁监国与郑彩之间的合作出现了巨大的裂痕，同时，收复福宁州的功臣刘中藻与郑彩也是矛盾很深，这些内部的争斗破坏了抗清力量的团结，内耗使得清军得以各个击破中北部的南明力量。
第二个因素，是清军大举增兵，礼部尚书陈泰被任命为靖南将军，统兵大举进入福建，同时，浙闽总督陈锦也派兵从浙江入福建，到四月清军援军主力进入福州，之后几个月内，鲁监国政权控制下的福建中北部绝大多数县城，均落入清军之手。
七月，由于闽中、闽北等地义军多被清军击败，清军将领佟鼐、李率泰、陈锦率军南下，直扑同安。
留守同安的郑军出城与清军会战，但寡不敌众，郑军将领邱缙身中五箭，身负重伤，军队被迫撤回同安城内，但是同安城的防御工事很是脆弱。由于郑成功已率主力到铜山岛，同安城守军没有外援，只得死守，郑军的战斗非常顽强，使得清军屡屡受挫，攻城战持续了一个多月，到八月中旬，同安城终于被攻破。
郑军守将邱缙、林壮猷、金作裕均投入与清军的巷战之中，力战而死，担任同安知县叶翼云等人被俘，拒绝投降，从容赴死。
这次同安保卫战，郑军表现出极为英勇的大无畏精神，令清军伤亡极大，清军主将佟鼐恼羞成怒，下令屠城，致使同安城内屋舍一空，血满沟渠。由于同安距郑成功所驻的铜山岛距离很远，加之清军的封锁，直到八月份，郑成功方才得知同安城被围攻的消息，他大惊失色，当即命令海军返援，可不巧的是，海上狂风巨浪，迫使船队整整花了五天的时间，才抵达金门岛，此时已经传来同安失守、全城遭屠的消息，郑成功在金门岛遥祭英灵，失声痛哭，全体将士，无不动容。