镇江之后，对于下一步的军事计划，郑军内部是有分歧的。参军潘庚钟的意见是：“未可骤进，当暂住瓜、镇，分据淮、扬诸郡，扼其咽喉，收拾人心，北都满汉兵民不下数百万，断其粮道，两月之间必生内变，此曹公之所以取胜于官渡也。”潘庚钟的看法，是北方之粮食，严重依赖于江南，只要切断京杭运河的运输线，北方将很快陷入粮食危机之中。工官冯澄世的看法与潘庚钟类似，他也认为南京城不容易迅速攻克。
郑成功反驳道：“不然，时有不同耳。昔汉祚改移，群雄分据，故曹操常以算胜。我明朝历年三百，德泽已久，不幸国变，百姓遭殃，大兵一至，自然瓦解，恢复旧京，呼召天下豪杰，千载一时也。若自老其师，拔兵四集，首尾受敌，我势岂不自孤？昔太祖得廖永忠、俞海通水师，夺采石、取金陵，破竹摧枯，正贵神速耳。”
这两种观点，都有道理，潘庚钟提出断粮道的主张很有远见，但郑军深入清军腹地，随时都可能面临北方清军大举南下的巨大压力；郑成功则认为应兵贵神速，攻克南京，这样无论在军事上还是政治上都是巨大的胜利，这个看法也没错，关键问题是南京能否迅速攻克呢？瓜州、镇江两场大胜仗，令郑成功对清军的实力明显产生低估的心理。
从镇江到南京，可以有两个选择，其一是从陆路进发，其二是从水路进发。要选择陆路还是水路呢？郑成功召集部将商议。
中提督甘辉进言道：“兵贵神速，乘此大胜，狡虏亡魂丧胆，无暇预备，由陆长驱，昼夜倍道，兼程而进，逼取南都。倘敢迎战，破竹之势，一鼓而收，不则围攻其城，以绝援兵，先破其郡，则孤城不攻自下。若由水而进，则此时风信不顺，时日犹迟，彼必号集援虏，撄城固守，我亦多一番功夫矣。”
甘辉的意见是从陆路进发，一举攻克南京。多数将领反对甘辉的意见，反对的理由，归结起来有这么几条：第一，大军远道而来，水土不合，士兵中病倒的人数不少，再加上时值酷暑，要昼夜兼程而进，这个很困难；第二，由于刚下过大雨，道路泥泞难行，特别这一带水网密集，不好通过；所以诸将提议由水路进击南京。
七月四日，郑成功督舟师大举向南京进发，七月七日，舰队抵达观音门。
虽然郑军的水师非常强大，但是绝大部分军队都必须要登陆作战，这么一来，江防就显得特别重要。清军虽然水师力量并不是特别的强，但比起入关时有了长足了进展，清军可以经京杭运河，将北方的水师运抵长江一线，南京上游的九江及芜湖、采石、京口都有清军水师，一旦在郑军登陆后，袭破郑军的舟船，后果不堪设想。郑成功必须要选择一位有能力的将领，独当一面，负责长江江面的安全。左冲镇的指挥官黄安被郑成功任命为水师总督，停泊于三叉河口一带，配给大炮船九艘，大小战船六十五艘，以抵御清军可能从长江一线而来的水师援军。
七月九日，郑军进抵南京城仪凤门下，郑成功重申《抢掠奸淫军令》，严肃军纪，并且传令各路提督将领，砍伐小杉、大竹，以制造攻城云梯。
南京提督管效忠在镇江吃了败仗之后，狼狈窜回南京城内，与江南总督郎廷佐夜以继日地准备防城的器具，准备死守南京城，并派人前往苏州府、松江府等地搬救兵，但是当差人前往松江府时，却发现松江提督马进宝正密谋要投降郑成功。马进宝就是马逢知，当年郑成功兵围漳州城时，马逢知率兵前往漳州救援，松江府是现在上海市一带，郑成功兵进长江之前，就曾与马逢知秘密接触，想要策反马逢知。管效忠在得知马逢知企图叛降的消息后，非常吃惊，他向北京上了一折奏章，这折奏章除了密报马逢知阴谋反叛的消息外，还向清廷汇报郑军的情况，称郑军共拥有二十万大军，战船千余艘，士兵全身是铁，箭射不透，刀斩不入，这些情况是过分夸张，郑军并没有二十万人，而且随军人员中还有许多女眷，实际兵力大约十万人左右。
管效忠这份奏折为郑军所截获，郑成功在得悉奏折内容后，写了一道密书，差人送给松江清军提督马逢知，要他提高警惕。管效忠在奏折中称南京已经危如累卵，这令郑成功十分欣喜，他流露出一丝得意之情，对左右道：“似此南都必降矣。”
七月十一日，郑成功率甘辉、马信等数十骑，与侍卫亲随数百人，绕观钟山，踩踏地势。部下潘庚钟望着大好河山，不禁慨叹道：“如此山川地势，龙盘虎踞，真帝王之邦，太祖所以一得而兴。今天资藩主瓜镇，神速进兵，倘一鼓而下，迎驾西来，中兴指日。”
郑成功正是春风得意，豪气冲天，他点点头说道：“我于昔日苟徇诸将臆见，日事争战于边海，何日得望中兴乎？尔等诸将，各协力齐心，千载一时！得此，居中调度，便可号召天下英杰，正所谓不入虎穴，焉得虎子。”不世之勋业近在咫尺，这位英雄慨然赋诗一首：
缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴。
试看天堑投鞭渡，不信中原不姓朱。
次日，郑成功率文官武将祭明太祖朱元璋，然后开始安排进攻南京城的部署，以甘辉、余新等率军驻扎于狮子山，以万礼、杨祖等驻扎于第二大桥山，主要防御清军从南京城凤仪门方向的突击；马信、郭义、黄昭、萧拱宸等驻扎于汉西门，其后是林明、林胜、黄昌、魏雄、杨世德等营垒；陈鹏、蓝衍、陈魁、蔡禄等将驻扎东南角，沿水畔结营；刘巧、黄应、杨正、戴捷、刘国轩等驻扎西北角，依山建垒。同时张英、陈尧策、林习山等人驻扎于岳庙山，以护卫郑成功中军大营的安全。
南京城外，营垒相连，绵绵不绝，深沟木栅，一场大战迫在眉睫，江南江北为之震动。
南京提督管效忠自从镇江被郑成功杀败后，躲进南京城内，四处调集兵马。他登城而望，只见郑军营地旌旗闪烁，金鼓闹鸣，不敢出城迎战，紧闭城门，以避其锋。此时操江军门朱衣佐只骑前来入见，朱衣佐在瓜州之战被郑军俘虏后，郑成功出于招降清军将领的需要，便释放了朱衣佐，他逃命后跑到南京城见管效忠。
朱衣佐对管效忠说：“海贼虽然猖獗，其众不过数万、其船不过数百。瓜镇之失皆由一時无备，故遭所破。今可速遣人卑辭寬限，以驕其志。然後設守禦之策，徵援兵破之。”管效忠认为朱衣佐所说的有道理，于是便派人到郑成功营中，假称要投降，但是请求郑成功宽限些时日。
此时郑成功已经完成进攻南京的部署，参军潘庚钟提议说：“细观城内，必然空虚，可令四面攻击，齐倚云梯，此城必然可得。”郑成功认为潘庚钟所言甚是，便下令各镇预备云梯、木牌、布袋等，作好攻城的准备。正在这个时候，清军的使者抵达，要求入见，郑成功接见来使，来使一进中军帐中，便磕头便跪道：“大师到此，即当开门延入，奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降。”
郑成功听罢对清使说道：“本藩攻此孤城，不过一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者，盖欲取信于天下也。若至期不降，攻入之时，寸草不留。”清使唯唯而去。