江东之战的大胜，掀起福建南部的抗清高潮，不甘心留着猪尾巴的热血男儿纷纷加入郑军的行列，使郑成功的兵力十分充裕。他组建二十八个新营，以二十八星宿命名，分别为：角宿、亢宿、氐宿、房宿、心宿、尾宿、箕宿、斗宿、牛宿、女宿、虚宿、危宿、室宿、壁宿、奎宿、娄宿、胃宿、昴宿、毕宿、觜宿、参宿、井宿、鬼宿、柳宿、星宿、张宿、翼宿、轸宿等营。
1652年四月，进攻闽南重镇漳州城的战役打响。
漳州清军守将王邦俊是郑成功的老对手了，在连连被郑军击败后，又惊悉浙闽总督陈锦败亡的消息，更使他胆战心惊，四下派人前往各处求援。这次攻城战对郑军是一个巨大的考验，在历来的战斗中，郑军暴露出最大的弱点，便是在攻城战这个环节十分薄弱，在这长泰攻城战中已经尽现无遗了。对于城防坚固的漳州城，郑成功打算采取长期围困的策略，以最小的代价攻占这座重镇。
当时漳州城共有四个城门。郑成功在围困漳州城的兵力上是这样安排的：
在西门方向上，第一道包围圈是仁武营与义武营，第二道包围圈是前冲镇、礼武镇、尾宿营，机动作战部队为戎旗镇，西门防御线由戎旗镇长官王秀奇负责。
在北门方向上，第一道包围圈是护卫左镇、正兵镇、亲丁镇，第二道包围圈是左冲镇、右冲镇、亢宿营，机动部队为前提督黄廷部，这条防御线由黄廷负责。
在东门方向上，第一道包围圈是护卫前镇、角宿营，第二道包围圈是援剿左镇、中冲镇、后冲镇、心宿营，机动部队为右提督黄山部，这条防御线由黄山负责。
在南门方向上，有两座桥梁，一为新桥，一为旧桥，以游兵营、后劲镇分别把守两桥头，作为第一道包围圈，第二道包围圈是后劲镇、信武营、智武营，机动部队为陈六御的北镇，这条防御线由陈六御负责。
在另一个清军可能突击的八角楼方向，以氐宿营、柳宿营为第一梯队防御，英兵营为第二梯队，这条防线由张名振负责。
在打援方向上，由黄兴率中权镇、奇兵镇、援剿后镇、房宿营驻扎于东岳一带的大路，用以阻击清军通过大路向漳州城增援。
此时清军在浙闽一带处境着实尴尬，浙闽精锐在江东一役中，几乎被郑成功摧毁殆尽，其余兵力，又要驻守各城，以防当地抗清力量死灰复燃，在机动兵力上十分有限。可是漳州为福建之重镇，又不能弃守，怎么办呢？清廷将解围漳州的希望寄托在马逢知的身上。
马逢知是浙江金衢总兵，原名马进宝，由于骁勇异常，闻名一时，又被称为\"金衢马”，在当时是个赫赫有名的战将，他的部下也个个剽悍善战。在接到援漳的命令后，马逢知当即率四千人马，从浙江出发，南下福建。虽然马逢知的人马不是很多，但他非常自信，凭借自己骑兵冲锋陷阵的能力，要解围漳州城并不难。
五月，马逢知的援军经过千里行军，终于抵达漳州城外，已经可以望到漳州高大的城楼了，他自恃骁勇，下令全军加速挺进。
郑成功的部将们一看，清军来了几千人，几千人算什么呀，浙闽总督陈锦的数万人马，都被杀得片甲不留，于是纷纷向郑成功请战，要求出击歼灭这支清军援兵。郑成功有自己的打算，他摇摇头说：“不然。凡用兵之道，岂可全恃勇力，当明彼此之情。今陈锦新丧，提调无人，以素骁勇之逢知来，必以一当百，今且勿战，纵之入城，城内人多，粮必乏，外调既迟，内势窘促，破之必矣。”
于是撤去大道上的防卫，并在两旁设伏，马逢知一路挺进，不料却遭到郑军的伏击，马逢知的副将金凤将郑军生擒。此时郑成功却故意放马逢知一条生路，让他带着其军队逃进城内，日后的事实表明，郑成功这一策略是极为高明的，因为漳州城已经被团团围困，清军多了数千人马，这些人要耗费大量的粮食，后来福建巡抚王应元曾提到：“迨浙闽援兵继进，兵马盈万，刍粮倍前，储蓄告匮，民力罄竭。”
马逢知此时仍然非常自信，因为他麾下的数千人都是骁勇之士，经过几天的休整后，马逢知率兵杀出东门，试图击破郑军的包围。郑成功当即下令苏茂、陈胜等率军迎战马逢知，同时甘辉、周全斌、陈尧策、赫文兴等以云梯攻城，打乱清军的部署。马逢知一见势头不对，弃阵奔回，以骁勇著称的头都逃了，其他士兵还不跟着跑了，伤亡颇多，逃回城内。郑成功继续围困漳州城，他的想法一方面是尽量减少由于攻城带来的巨大的伤亡，另一方便，只要继续围困漳州城，清军势必要派军队前来救援，郑军便可以逸待劳，坐等清军送上门。郑成功这一战略，也是一种无奈的选择，面对高大坚固的城墙，郑军几乎无能为力。
为了防止城内清军的出城反击，一种更为有效的围困手段被郑军北将王有才想出来，在各营地前，挖掘一条宽一丈的河沟，再设置一道防御马匹的障碍，俗称\"鹿角”，再建一道木栅，在木栅内设置一道砂石垒成的防线，每隔一定距离，设一铜百子铳，另外还筑短墙，将一个个营地变成一个个堡垒。
郑军的这种架式，着实令王邦俊与马逢知感到心惊胆战，饶是马逢知的骁勇，也不敢出城作战，只得坚闭固守，漳州城已成一个孤岛。
这种围城战术，对城内清军与城外的郑军都是一次意志力的巨大考验，对郑军来说，驻师城外，而且又值多雨季节，处境也相当困难。在这样一种情况下，来自鲁王阵营的张名振提议，从漳州九龙江拦截江水，引水灌进漳州城内，这确实是一条好计谋，然而引水灌城的工程量极为浩大，而且正是多雨时节，河水上涨，水流湍急，如果不慎，不仅不能水淹漳州城，反倒淹了郑军自己的营地，所以郑成功最后放弃了这个计划。
郑军围攻漳州城，虽然久困不下，但足令清军胆寒，在这种局势下，漳州西部的漳平守将廉彪前来向郑成功投降，廉彪是个身强力壮的人，膂力过人，箭术高超，能左右开弓，百发百中，郑成功十分高兴，礼待廉彪，并且授他为室宿营的营官，令他招募壮勇，克复九龙江上游地区。
清军在陆路上的援漳行动屡遭挫折，便想出\"围魏救赵\"的方法，准备从水路直接袭击郑成功的大本营厦门岛，迫使郑成功回防。