施郎逃跑这件事，并没有影响到郑成功主动出击清军的决心。
五月二十二日，郑成功亲自督师，跨海进入海澄县境内的磁灶。
由于海澄是漳州的富庶之地，这也是当年明朝惟一开放港月港的所在地，所以驻守漳州府的清军总兵王邦俊不敢大意，率一千骑兵、二千步兵，在二十六日抵达磁灶附近，与郑成功的军队对垒。
在战斗前夕，郑成功招集诸将召开军事会议，在会上说道：“欲图进取，先从漳、泉起手。此番杀他一阵，则漳虏慑服，集兵裕饷，恢复有基矣。”可见郑成功出击的目的，主要在于夺取这个富庶之地的粮饷，同时也可以招募更多的士兵。
郑成功在与清军作战中，最惯于使用伏击战。
这是因为清军自从入关以来，基本上逢战必胜，所以有骄奢之心，对抗清力量存轻视之心，郑成功正是抓住敌军的这个弱点，频繁地使用伏击战，屡试不爽。
郑军将磁灶选定为既定战场，将一镇的兵力埋伏在磁灶山坑南，援剿右镇黄山埋伏在磁灶坑北，左先锋苏茂、援剿左镇林胜两路人马埋伏在磁灶社内，由亲丁镇甘辉、前冲镇万礼、右冲镇柯鹏三个纵队担任诱敌的任务。
清军总兵王邦俊曾在1649年的盘陀岭之战中挫败郑军，郑军优秀将领柯宸枢就是在那次战斗中战死，后来在1650年又出兵救援被郑成功围困在潮州的郝尚久，所以他心高气傲，并不把郑军放在眼中。三千名清军大摇大摆从大路进入磁灶，埋伏在磁灶社里的苏茂率军与清军交火，紧接着甘辉、万礼等纵队一并杀出。在与清军交战中，郑军最大的劣势在于骑兵数量少，所以清军以骑兵为主力，向郑军发起突击，郑军有一套对付骑兵的战术，即使用藤牌兵，这种藤牌既可以防箭，也可以防马，这种战术是以三个人为一个小组，一人执藤牌以掩护其余二人，另外两人个，其中一个负责砍马，另一个负责砍人，使用的刀具极为锋利，一刀下去即可将铁甲马一劈为二。
这下子可让清军有苦头吃了。在郑军凶猛的攻击下，清军溃不成军。
苏茂与林胜两路人马抵挡清军的骑兵，砍杀与夺取不少马匹，在战场上清军尸横遍野。
王邦俊见势不妙，赶紧下令撤退，保护其剩余的马匹与辎重，落荒而逃。
磁灶一战，是郑成功在厦门失守、战略储备被夺、施郎逃亡等一系列不利于郑军的背景下取得的一次大胜，无疑大大地提升士气，对东南抗清力量也是一个极大的鼓舞。
厦门岛成为一个光辉的抗清根据地，而郑成功无疑成为东南抗清的一面旗帜。对留着猪尾巴似的大辫子深恶痛绝的人民，看到光复汉室的曙光。
这场胜利，使得前来投奔的抗清志士人数激增，郑成功将军队数量大大扩编。
郑成功的军队编制以镇为主，主要有左先锋镇、右先锋镇、援剿左镇、援剿右镇、援剿前镇、援剿后镇、前冲镇、左冲镇、右冲镇、中冲镇、亲丁镇、戎旗镇等，在磁灶战役后，又扩编了五个镇：中权镇、北镇、护卫左镇、护卫右镇、后劲镇。
前来投奔郑成功的郑军旧将黄兴被任命为新组建的中权镇的将领，另一位慕名而来的郑军旧将黄梧则被任命为中权镇的副将。
任命精通骑射的陈六御为组建北镇，北镇主要是骑兵队，以北方来的士兵为主力组成而成，与清军相比，郑军在海上的力量要强大得多，但是在陆上却居于劣势，主要是由于缺乏战马，难以组建一支有强大战斗力的骑兵。即便如此，郑成功还有充分利用现有不多的马匹，加强骑兵的组建。
郑成功的杰出表现，也令郑鸿逵倍感欣慰，他决心逐渐淡出郑氏集团的领导层，同时也消除私自在厦门岛放走清军而引起郑成功的不信任，便将手下三员将领以及一部分兵力移交给郑成功。这三位将领分别是沈明、沈奇与陈魁，郑成功便组建了护卫左镇、护卫右镇以及后劲镇。郑成功在潮阳收降陈斌后，曾组建过后劲镇，但是后来陈斌被施郎逼走，继而在守卫潮阳时，因不敌清军而投降清军。
除了新增五个镇之外，郑成功还组建十个独立营。
十个新组建的营分别是：礼武营、信武营、智武营、仁武营、义武营、英兵营、游兵营、奇兵营、殿兵营、正兵营。
同时组建一个新局署，负责督造武器，特别是制造能有效对付清军骑兵的藤牌，以及战被、火筒、火罐等。战被又称为滚被，其实是一大棉被，厚二寸，可以抵挡对方的箭矢，一旦敌军放箭，便将战被张开，可以遮挡来箭，箭雨过后，即可以滚被而行，里面的士兵手持双刀，专门砍敌人以及敌马的脚，看来这也是对付敌军骑兵的一种办法。