郑成功的二万五千名士兵出其不意地在鹿耳门登陆成功，令荷兰人大跌眼镜。
荷兰人在当时是世界海上霸主之一，虽然其在台湾的总兵力不到二千人，还不到郑军人数的十分之一，但也是一支久经沙场之师，更凭恃火器上的巨大优势，不把郑军放在眼中。赤嵌城的荷兰军事长官雅各布•猫难实叮迅速作出反应，就在郑军登陆的这一晚，他率部炮击郑军营地，并且焚烧附近的一些马厩、米仓，企图让郑军人马陷入无粮之困境。
郑成功当机立断，派出军队进驻赤嵌街，保护这里百姓的草房与米仓，防止荷兰人焚毁。由于荷军在人数上居于劣势，猫难实叮未敢继续深入。荷兰人自从占据台湾岛之后，凭借此坚船利炮，镇压台湾人民的起义，由于台湾人民既缺乏大陆的支援，武器又非常落后，所以不是手持精锐武器的荷兰人的对手。久而久之，荷兰人对中国人有一种轻视之心，以台湾总督弗雷德里克•揆一的中国人就被荷兰人看作不堪一击，以为他们都是文弱怯懦，不能打仗的。据荷兰人估计，二十五个中国人合在一起还抵不上一个荷兰兵。他们对整个中国民族都是这样的看法：不分农民和士兵，只要是中国人，没有一个不是胆小和不耐久战的，这已经成为我方战士不可推翻的结论。”
显然，荷兰人将身经百战的郑军官兵视同手无寸铁的寻常百姓，在他们看来，击败郑军就会象当年击败郭怀一起义一样的轻而易举。
荷军决心先反击驻守于北线尾屿的郑军。北线尾屿与鹿耳门南北相接，是控制南北航道的入口处，战略地位显著，郑成功安排宣毅前毅的官兵驻扎于此，约有兵力一千五百人至二千人，指挥官是陈泽。因为这是个岛屿，一旦交锋，郑军主力要前往救援也不太容易，所以荷军在首战地点选择在此。
荷军上尉托马斯•贝德尔是个心高气傲的军官，他显然对对手的实力一无所知，在他看来，只要放一阵枪，这群中国人便会吓得四散逃跑，就象荷兰人所征服的其他地区的军队那样不堪一击。
四月初三，贝德尔上尉率二百四十名士兵，在北线尾屿的南端登陆，以十二人以一排，共计二十排的方阵，逼近郑军的驻地，宣毅前镇指挥官陈泽下令郑军士兵做好迎战准备。当贝德尔的荷军靠近郑军时，荷兰人连放了三排枪，他估计郑军应该很快就作鸟兽散了。但是令他没有想到的是，郑军非但没有后退半步，反而以密集的箭雨还击，在箭雨过后，郑军开始向前推进，前面的士兵一手持着盾牌，一手持刀，后面跟进的士兵则不断地以弓箭还击。由于双方的距离非常近，前一刻还信心满满、自以为英勇无比的荷兰人突然间惊呆了，这种情况完全出乎他们的意料，他们根本没有迎战对手进攻的心理准备。郑军密集的箭雨威力并不逊色于荷军的枪支，而且当锐利的箭镞刺穿身体时，比枪伤更令人感到恐怖。
对于郑军来说，也确实没有把这两百多人的荷兰军队放在眼中，他们经历了无数比这更加残酷的战争，而且习惯了战场的厮杀与血腥。郑军士兵的勇敢让荷兰人大为震憾，他们不顾一切地向前冲锋，没有在枪林弹雨中表现出一丝的犹豫。
中国战士的英勇表现令这些荷兰士兵大开眼界，当然，对于绝大多数的荷兰人来说，这也是生命中最后一次开眼界了。后来荷兰人写道：“如果说战斗前他们是英勇无畏，想要仿效吉迪翁的行径，那么他们的勇气则完全为恐惧所代替，许多人甚至还没有向敌人开火便把枪丢掉了。他们抱头鼠窜，落荒而逃，可耻地遗弃了他们英勇的队长和同胞。”
正当荷兰人为郑军的冲锋目瞪口呆之时，郑军另一路的军队抄截荷兰人的后路，这是郑军在作战中惯用的战术。荷兰人陷入到腹背受敌的困境中，除了贝德尔上尉还故作镇静之外，多数的荷兰人开始逃跑，他们跳入海中逃生，郑军士兵杀入敌阵，与荷军肉捕战。
荷兰人本来在人数上就吃亏，在肉搏战的本领比郑军又要逊色，一阵砍杀之后，没有跳海的荷兰人被全部歼灭，总计一百一十八人，包括那位颇为狂傲的贝德尔上尉。跳入海中逃生的一百二十余人中，又有四十多人淹死，还有八十人总算手脚快，侥幸捡回一条命。
对于这次战斗，曾在郑成功麾下担任户都事的杨英在回忆录中只是轻描淡写道：“夷长揆一城上见我北线尾官兵未备，遣战将拔鬼仔率鸟铳兵数百前来冲杀，被宣毅前镇督率向敌，一鼓而歼。夷将拔鬼仔战死阵中，余夷被杀殆尽。”战斗的结果远远出乎荷兰人的意料之外，郑军仅仅用几十分钟，便赢得了战斗的彻底胜利。
在贝德尔在北线尾屿发动进攻的同时，另一路荷兰军大约二百人，在阿尔普多上尉的率领下，正打算在士美村阻止郑军的后续船队的登陆，此时得悉贝德尔部队覆灭的消息，大惊失色，看来郑军的实力远远超出他们的想象。此时郑成功的部队已经完成对赤嵌城的包围，这支荷兰小分队转而走海路前往增援赤嵌城，约有六十人进入赤嵌城，其余的人退回热兰遮城。
同样在这一天，赤嵌城的荷兰军事长官猫难实叮的弟弟与弟媳二人，显然还没有意识到赤嵌城已经岌岌可危，他们二人还饶有兴致地出城堡去游玩，结果被郑军士兵逮个正着，押解到郑成功的帐前。郑成功没有为难他们二人，反先以礼相待，送他们返回赤嵌城内，并要他们转告猫难实叮，赤嵌城已陷入包围之中，只要投降，郑军将保证他们的人身安全。当时赤嵌城内的荷兰军队，有的资料说是四百余人，有的说是六、七百人，反正与城外郑军二万人相比，是少得可怜。更要命的是，城堡人的粮食储备很少，显然郑成功二万多大军神不知鬼不觉地突然出现在台湾岛，这使赤嵌城的荷兰人根本没有时间来储备更多的粮食。不仅粮食缺乏，城内的淡水供应也非常紧张，火药也不多，甚至难以抵挡郑军一次进攻。
台湾总督揆一在热兰遮城举行军事会议，决定与郑成功进行谈判。荷兰人决定支付一笔赔款，交给郑成功，以换取郑成功的军队退出台湾；如果郑成功拒不退出台湾，荷兰人还准备了作出必要的让步，只要郑成功同意荷兰人可以自由进出台湾的港口，谈判还是可以接受的。显然，荷兰人已经意识到国姓爷的威名并非浪得虚名，对这位东亚海上贸易的霸主，荷兰人已经作好妥协的准备。
然而令荷兰人没有想到的，是郑成功拒绝了他们的要求，郑成功大义凛然地表示：“这个岛是属于中国的，在中国人不需要它的时候，可以允许荷兰人暂时借居。现在中国人需要这块土地，来自远方的荷兰人，自应把它交还原主，这是理所当然的事。”
郑成功表示，只要荷兰人撤离台湾岛，可以把两座城堡内的所有财物全部带走，郑军的目的并不是要与荷兰人打战，但是收复台湾的决心是不会动摇的。如果荷兰人一意孤行、负隅顽抗，那么郑军将不得不采取武力手段，强行驱逐出境。
台湾总督揆一见谈判未成，决心要固守热兰遮城，与郑成功对抗到底。但是对另一座城堡赤嵌城而言，根本不具备固守的条件，猫难实叮心里很明白，只要郑军围困数日，赤嵌城将陷入灾难之中。除了与郑军谈判，他别无选择。郑成功命令士兵每人收集一束草，围屯在赤嵌城外，然后派翻译官吴迈、李仲二人入赤嵌城，劝降猫难实叮，并威胁说：“如不降，周围放火焚之。”四月初四，垂头丧气的赤嵌城守将猫难实叮终于献出城堡，向郑成功投降，赤嵌城的荷兰守军数百人，悉数成为郑军的俘虏。
荷兰人在台湾的两大军事据点之一的赤嵌城，尚未经过激烈战斗，就这样拱手而降，这使得郑军士气大振，而龟缩在热兰遮城的荷兰人则未免胆战心惊。
两天后，郑军与荷兰人展开了一次小规模的海战。
这次海战，两方纪录的时间有所差异。杨英回忆录中纪载日期为四月初六，是郑军收复赤嵌城的第三天；而荷方纪录则是在贝德尔上尉出击北线尾屿的同一天，其日期为四月初二。